マスストレージクラスではSCSI、ATAPIなどのコマンドを用いており、デバイスによって使用するコマンドの種類や細かい部分の仕様に違いがあります。
デバイスはコマンドセットを指定することで、どのようなコマンドを用いるのかを指定することができます。主なものとして以下のようなコマンドセットがあります。
USBフロッピーディスクドライブではUFIが使用されています。
USBメモリーやUSBカードリーダーではSCSIコマンドセットが、USB CD/DVDドライブではSFF-8020i/MMC-2(ATAPI)またはSCSIコマンドセットが使用されているものが多いようです。